Il toponimo deriva chiaramente dal latino strata, “strada lastricata”; originariamente tale nome definiva la zona dell’attuale San Pietro, in seguito esteso all’intero territorio (nel medioevo e in tutta l’età moderna il nome dell’attuale Stra era “Fossolovara”, cioè fosso dei lupi o fosso dei lovi, piante palustri).
In epoca romana, infatti, la zona era attraversata dalla strada militare Emilia-Altinate, costruita dal console Marco Aurelio Lepido per congiungere Padova ad Altino ed Aquileia.
Allora il territorio di Stra doveva essere centuriato e quindi predominavano le attività agricole.
Nel medioevo Stra subì gravi danni a causa delle varie invasioni barbariche, poi dal XVI secolo, la storia del paese si legò a quella di Padova e coinvolta nelle numerose guerre con la vicina Venezia; le dispute vertevano su questioni di confine e sui diritti vantati sulle acque del Brenta.
Stra, in seguito, venne dominata dagli Ezzelini ed in seguito passò sotto la signoria di Milano per effetto del trattato fra Venezia e i Visconti. Alla dominazione Viscontea Stra venne sottratta dai padovani condotti da Francesco da Carrara.
Nel XVI secolo, finita la guerra della Lega di Cambrai, Stra divenne a tutti gli effetti territorio veneziano.
La sua posizione e la sua propensione all’agricoltura resero Stra ideale per dare asilo per un tranquillo soggiorno della nobiltà della Serenissima, che edificarono lungo la Riviera del Brenta le ville più belle: di importanza nazionale la grandiosa Villa Pisani, magnifica e regale costruzione settecentesca, eretta su progetto di Girolamo Frigimelica e poi rivista da Francesco Maria Preti.
La villa, finemente affrescata da Giambattista e Giandomenico Tiepolo e da Mengozzi Colonna, oggi rappresenta uno dei maggiori partrimoni architettonici italiani.